在农村地区，建造一座轻钢结构的自建房是许多家庭的梦想。这种建筑方式不仅安全可靠，而且能够有效提高房屋的使用寿命。对于一个大约100平方米且设计为三层的住宅来说，成本是一个重要的考虑因素。

首先，材料费用占据了总成本的大头。轻钢结构本身比传统砖混结构更经济实惠，且施工速度快。一般而言，在中国农村地区，每平方米的轻钢结构建筑成本大约在1500元至2500元之间，具体价格取决于所选材料的质量和规格。因此，对于一个100平方米的三层住宅，初步估计总材料费用可能在45万元至75万元之间。

其次，施工成本也是不可忽视的一部分。这包括人工费、地基处理、内外装修等。如果选择经验丰富的施工队伍，并采用高质量的装修材料，那么施工成本可能会接近甚至超过材料成本。

最后，还需要考虑到设计费用、审批手续以及可能遇到的额外开销。这些额外费用虽然难以精确估算，但建议预留出总预算的10%到20%作为预备金。

综上所述，建设一个100平方米的三层轻钢结构自建房，预计总花费将在60万元至100万元之间。当然，实际费用会受到地理位置、市场波动等多种因素的影响，具体数字还需结合当地实际情况进行详细规划。