呼伦贝尔市原来是呼伦贝尔盟，海拉尔原来是海拉尔市，是呼伦贝尔盟的首府。

2001年10月10日，国务院批准撤销呼伦贝尔盟设立地级呼伦贝尔市；撤销海拉尔市设立海拉尔区，海拉尔虽然变成了区但面积没变仍然是呼伦贝尔市的首府。

车站、机场都留用原来的海拉尔站 呼伦贝尔市辖原呼伦贝尔盟的阿荣旗、莫力达瓦达斡尔族自治旗、鄂伦春自治族、鄂温克族自治旗、陈巴尔虎旗、新巴尔虎左旗、新巴尔虎右旗和新设立的海拉尔区；代自治区人民政府管辖满洲里市、牙克石市、扎兰屯市、额尔古纳市和根河市。

海拉尔是呼伦贝尔市的政治文化中心。