从动物分类学的角度来讲脊索动物是一个门类，即脊索动物门，而脊椎动物是脊索动物门的一个亚门，即脊椎动物亚门，也就是说脊索动物包括脊椎动物。

（我是学动物科学的）脊索动物门包括尾索动物亚门（红海鞘）、头索动物亚门（文昌鱼） 、脊椎动物亚门。

前两种没有形成真正意义上的脊椎，只有脊索。

脊椎动物的脊索只在动物分类依次分门、纲、目、科、属、种，中间还划分亚门、亚纲、亚目……亚种。