肛镜检查大体步骤应先作直肠指诊，然后右手持肛门镜并用拇指顶住芯子，肛门镜尖端应先涂上润滑剂，用左手拇指、食指将右臀拉开，显示肛门口，用肛门镜头部按摩肛缘，使括约肌放松；再朝脐方向缓慢插入，当通过肛管后改向骶凹进入直肠壶腹部。

将芯子取出，取出后要注意芯子上有无血渍及血渍的性质，若直肠内有分泌物，可用镊子钳上棉花球擦净，然后再详细检查；查看粘膜颜色，注意有无溃疡、息肉、肿瘤及异物，再将肛门镜缓缓地向外抽出，在齿线处注意内痔、肛乳头、肛隐窝或肛瘘内口等。