日联杯的赛制由小组赛和淘汰赛组成，参加当年亚洲冠军联赛的四支球队小组赛轮空，直接晋级日本联赛杯八强。

其余J1联赛的14支球队被分成2个小组进行主客场双循环比赛，最后按积分高低排名，若积分相同则依次以净胜球、进球数和胜负关系决定排名。

小组前二名晋级八强；八强和半决赛采取两回合主客场淘汰制，如果两回合总计入球数相同则计算客场入球，若仍未能分出胜负则须加时再决胜负。

倘若加时赛打平则以互射点球分胜负；决赛于中立场进行，90分钟打平进行加时直至点球决出冠军。