水晶版可以选女主角，也可以选男主角金银不行。

水晶版可以收雪拉比。

水晶版只拥有一只银鸟但是金版和银版都能同时拥有金鸟和银鸟。

水晶版隐藏物品（不是那种精灵球状的物品）无限捡，这个比较不错，可以用这个找个隐藏着的升级药的地方无限捡升级药。

水晶不能集齐3个主角怪。

捕捉三神兽的时候不像金银似的三神兽全跑而是留一个水君。