金鱼藻沉水性多年生水草，全株深绿色。

茎细长，平滑，长20-40余厘米，疏生短枝。

叶轮生，开展，每5-9（13）枚集成一轮，无柄，长1.2-1.5（2.0）厘米，通常为1回二叉状分歧，有时为2回二叉状分歧，裂片丝状线形或线形，稍脆硬，先端具2个短刺尖，边缘散生刺伏细齿。

花小，单性，每1-3朵单生于节部叶腋，具极短的花梗，总苞深裂，总苞片8-12枚，线形，长达1毫米余，顶端具2个短刺尖，花后宿存；雄花具多数雄蕊，雄蕊狭椭圆形，几无花丝，花药外向，药隔的附属体顶端具2个短刺尖；雌花具1枚雌蕊，花柱宿存，呈针刺状。

坚果椭圆状卵形或椭圆形，略扁平，长4-5毫米，宽约2.5毫米，具3枚针刺，基部附近的2枚针刺向下倾斜，几乎比果体长1倍，长达9.5毫米，顶部的1枚针刺（宿存的花柱）比果体长半倍至1倍，长7.5-8毫米。

花期6-7月，果期8-9月。