组织机构上没什么差别 理事会主要用于学术组织、研究机构等群众团体和社会团体的领导机构组织形式上 而董事会主要用于企业的领导机构组织形式上。

两者的差别：理事会成员的组成与出资多少无关，主要是以事而成，而能入选董事会的，一般是出资人（当然现在企业组织理论中，允许有独立董事的存在，这主要是一种中立监督作用），而且是大股东。