贝加尔湖还有许多未解之谜。

例如，湖水一点不咸，也就是说它与海洋不相通，但却生活着地地道道的海洋生物，海豹、海螺、海鱼和龙虾。

在贝加尔湖里生活着世界上唯一的淡水海豹。

冬季时，海豹在冰中咬开洞口来呼吸，由于海豹一般是生活在海水中的，人们曾认为贝加尔湖由一条地下隧道与大西洋相连。

实际上，海豹可能是在最后一次冰期中逆河而上来到贝加尔湖的。

又如贝加尔湖里长有热带的生物，像贝加尔湖藓虫类动物，其近亲就生活在印度的湖泊里，贝加尔湖水蛭在我国南方淡水湖里才能见到，贝加尔湖蛤子，只生存在巴尔干半岛的奥克里德湖。