有氧呼吸分为三个阶段：第一阶段：在细胞质的基质中，叫做糖酵解。

反应式：C6H12O6酶→2C3H4O3(丙酮酸)+4[H]+少量能量 (2ATP)第二阶段：丙酮酸进入线粒体的基质中。

这一阶段也不需要氧的参与，是在线粒体基质中进行的。

反应式：2C3H4O3(丙酮酸)+6H2O酶→20[H]+6CO2+少量能量 (2ATP)第三阶段：在线粒体的内膜上，产生大量的能量。

这一阶段需要氧的参与，是在线粒体内膜上进行的。

反应式：24[H]+6O2酶→12H2O+大量能量(34ATP)。