内含子（Intervening region）是一个基因中非编码DNA片段，它分开相邻的外显子。

更精确的定义是：内含子是阻断基因线性表达的序列。

DNA上的内含子会被转录到前体RNA中，但RNA上的内含子会在RNA离开细胞核进行转译前被剪除。

在成熟mRNA被保留下来的基因部分被称为外显子。

真核生物的基因含有外显子和内含子，是前者区别原核生物的特征之一。

内含子可能含有“旧码”，就是在进化过程中丧失功能的基因部分。

正因为内含子对翻译产物的结构无意义，它比外显子累积有更多的突变。

内含子在选择性剪接扮演重要角色，一个基因可以因此而产生多种不同的蛋白质。

归根到底，是在剪接过程中同一段DNA，有时被看作外显子，有时则是内含子。

有一种特殊的内含子，被称作自剪接内含子（核酶)，它可以通过自身作用被切除，来离开mRNA。

内含子和外显子的比例因种而异。

河鲀鱼的内含子比较少。

但内含子与垃圾DNA不同，垃圾DNA亦即那些基因以外的序列，还未被发现有任何功能的DNA，但可能是参与基因调控和选择性剪接的调控。

但若内含子对应的mRNA片断若没有被除去，可能会发生非常大的突变。

如一种植物，科学家抑制了剪切酶的活性而保留了其mRNA中一段内含子。

结果，该植物的雌蕊发育不正常。

而雄蕊却出现了雌蕊的特征。

“马赛克基因”，就是说编码的DNA片断(外显子)被非编码区域(内含子)隔开，该概念是1977年由Hogness，Mandel和Chambon提出。

cDNA是由RNA反转录来的，RNA是经过剪切内含子拼接而成，而启动子则只存在于转录时的模板DNA起始上游，所以转录后的RNA中没有，那么RNA反转录来的cDNA中自然也不会有了。