个人觉得没有什么实质性区别，格式稍有差别。

商调函只有具有人事档案管理权的单位才有资格出具商调函。

商调函一般是人才交流服务中心向异地的人才交流服务中心开具的，调档函一般是单位向另一单位开具的，两者只是名称不同而已，所起的作用几乎是一样的。